Die Prachover Felsen und ihre Umgebung sind Orte mit einer reichen Geschichte. Die Anfänge der Besiedelung kann man bis ins Altertum verfolgen – wir finden hier Belege für eine Besiedlung durch Menschen aus der Jungsteinzeit. Auf der Ebene, die den Namen Alte kleine Burg (Starý hrádek) trägt, finden wir Befunde aus der Bronzezeit, da hier eine Siedlung gegründet wurde. Vom Ort dieser Siedlung stammen bronzene Spangen, die man fand. Es finden sich auch Spuren einer Besiedlung durch Kelten.
Zur Zeit der Besiedelung der Felsen und ihrer Umgebung durch die Slaven kommt es zu einem ausgedehnten Befestigungssystem der Felsen – das ganze Gebiet war von einem Erdwall umgeben. An einigen Stellen am Wall sind Spuren eines ausgedehnten Brandes zu finden, die eine Eroberung der Felsenbefestigung bezeugen. Nach Keramikfunden kann man den Brand in das 10.Jahrhundert datieren, in die Zeit, als die Přemysliden ihre Stellung im Böhmischen Becken festigten.
Im 12. Jahrhundert wurde auf der nahegelegenen Basaltsteinanhöhe die königliche Burg Veliš errichtet, und die Prachover Felsen wurden Teil des Herrschaftsgebietes der Velišer. Die Burg blieb nicht lange im Besitz des Königs – schon im Jahre 1277 erhalten die Witigonen (Vítkovci) diese als Ersatz für Hluboká, nach ihnen bekamen die Burg die Herren von Wartenberg, kurze Zeit gehörte sie auch dem König Georg aus Poděbrad, auch dem Oldřich aus Rožmberk, den Trčka von Lípa usw. Am Beginn des 17. Jahrhunderts erhielt Albrecht Eusebius Wallenstein dieses Herrschaftsgebiet. Er machte das nahegelegene Jičín zur Residenz seiner Herrschaft. Nach erhaltenen Aufzeichnungen existierten in dieser Zeit in den Prachover Felsen zwei Ansiedlungen – das Hintere und das Vordere Moravsko. Das Dorf Prachov existierte noch nicht, auf seinem Gebiet lag die Ansiedlung Valy (Wall), genannt nach den Überresten der altertümlichen Befestigung.
Nach Wallensteins Tod im Jahre 1634 (ermordet in Cheb – Eger) erhielt Heinrich (Jindřich) Graf Schlik die Velišer Herrschaft und so wurde das Velišer Herrschaftsgebiet ein Teil des Eigentums dieses bekannten Geschlechtes.
Die Grafen Schlik waren ursprünglich eine bürgerliche Familie in Cheb. Den Herrenstand erhielten sie im Jahre 1437, als Kaiser Sigismund von Luxemburg und später auch der Habsburger Albrecht II. und weitere den Kašpar Schlik, er war Kanzler des Kaisers Sigismund, in den Herrenstand erhoben haben.
Die Familie wurde in den folgenden Generationen immer reicher, nachdem man auf ihrem Besitz in Jáchimov Silbererz fand. Die Familie Schlik errichtete in Jáchimov eine Münze, prägte hier Münzen, die sogenonnten Joachimsthaler.
Finanzielle Nöte der Habsburger, besonders des Ferdinand I., nötigten den Monarchen schon im Jahre 1534 nach einer militärischen Aktion den Einfluss der Grafen Schlik auf die Münzprägung einzuschränken und im Jahre 1545 wurden die Grafen Schlik gezwungen, das Recht auf die Silberförderung an den Monarchen abzutreten. Damit gelangten sie in Opposition zu den Habsburgern, diese Opposition erreichte seinen Höhepunkt im Jahre 1620 als sie sich an die Spitze des Ständeaufstandes in Böhmen stellten.
Nach der verlorengegangenen Schlacht am Weißen Berg 1620 wurde Jáchym Ondřej Schlik als einer der Führer im Jahre 1621 auf dem Altstätder Ring in Prag als erster von siebenundzwanzig böhmischen Adligen hingerichtet.
Jindřich Schlik, Cousin des Jáchym Ondřej Schlik, führte als Oberst in der Schlacht am Weißen Berg (Bílá hora) das mährische Regiment an. Die siegreichen Kaiserlichen nahmen Jindřich Schlik gefangen, aber zum Unterschied zu seinem Cousin, Jindřich war ja ein professionaler Soldat, boten sie ihm den Dienst am Kaiserhof an, damit hörte er auf, die Interessen der Protestanten zu verteidigen. Jindřich Schlik wurde Katholik, mals Gehalta. Man beförderte ihn zum General und zum Präsidenten des höfischen Kriegsrates. Als Gehalt erhielt er im Jahre 1637 das Velišer Herrschaftsgebiet mit den Prachover Felsen.
Die Prachover Felsen waren ständiger Teil des Befestigungswerks der österreichischen Truppen auch im Jahre 1866, weil hier nach österreichischen Plänen die entscheidende Schlacht geplant war. Die preußischen Truppen aber stießen schneller vorwärts als die österreichischen Führer vorausgesetzt hatten. Am 29. Juni 1866 kam es zum ersten Zusammenstoß beider Armeen, die österreichische Führung aber war völlig desorientiert und unvorbereitet. Nach einigen Stunden Kampf wurde den österreichischen Truppen der Befehl zum Rückzug erteilt. Der Befehl erreichte aber nicht alle Einheiten. Ein Teil der Truppen zog sich zurück, der Rest wurde in verlorengegangenen, vergeblich verteidigten Befestigungen vernichtet.
An diese unglückliche Schlacht erinnern noch verschiedene Ortsnamen (der Teich Mord – rybník Vražda, das Feld Auf den Getöteten - pole Na zabitých ) und Denkmäler in Prachov, Horní Lochov, Jinolice, Kněžnice und woanders.
